Bien avant la construction de Nozeroy, au pied de la butte où s'établit la ville fortifiée, Mièges abritait des possessions de l'abbaye d'Agaune, en Valais suisse. Elle passa ensuite sous la tutelle de Saint-Oyend de Joux, l'ancien nom de Saint-Claude, avant de devenir un prieuré de la puissante abbaye de Cluny. Au XVe siècle, sous l'influence des puissants comtes de Chalon, et malgré l'opposition des Clunisiens, le prieuré est uni à la collégiale de Nozeroy. Il reste de cette époque une église qui se dresse fièrement au centre du village.